Program Studi Akuntansi Fakultas Ekonomi Universitas Muhammadiyah Buton didirikan pada tanggal 19 Oktober 2006 dan memperoleh izin operasional dari Dirjen Dikti berdasarkan SK No. 2409/DT/K-IX/2009 tentang perpanjangan ulang izin penyelenggaraan Program Studi Akuntansi Strata Satu (S-1) pada Universitas Muhammadiyah Buton.